細(xì)胞功能由生物大分子（包括DNA、RNA、蛋白質(zhì)和脂質(zhì)）以及代謝產(chǎn)物等小分子之間的物理和功能相互作用的復(fù)雜“相互作用組”網(wǎng)絡(luò)協(xié)調(diào)實(shí)現(xiàn)的。這些相互作用是多種多樣的，存在于不同的時(shí)間尺度上，例如表現(xiàn)為長(zhǎng)壽命的蛋白質(zhì)簇，或作為外部刺激促進(jìn)的瞬態(tài)事件。生物分子的相互作用是所有細(xì)胞過(guò)程的基礎(chǔ)，了解它們的動(dòng)態(tài)相互作用可以在疾病治療方面取得重大進(jìn)展。 上期小編已經(jīng)介紹了基于蛋白質(zhì)組學(xué)研究相互作用的全系列解決方案

（點(diǎn)擊查看方案詳解）

，同時(shí)青蓮百奧已經(jīng)推出了無(wú)需進(jìn)行化學(xué)修飾、適用于細(xì)胞裂物、活細(xì)胞、組織、細(xì)菌和真菌中進(jìn)行蛋白/小分子-蛋白相互作用高通量篩選的限制性酶解-質(zhì)譜分析技術(shù)

（點(diǎn)擊查看LiP-MS技術(shù)詳解）

和熱蛋白質(zhì)組學(xué)分析技術(shù)

（點(diǎn)擊查看TPP技術(shù)詳解）

。本期的內(nèi)容將深入探討這兩個(gè)技術(shù)在藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)和相互作用研究中的應(yīng)用和對(duì)比情況，激發(fā)大家的研究靈感。

藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)

靶蛋白鑒定是鑒定小分子藥物作用機(jī)制、副作用和評(píng)價(jià)藥物相似性的關(guān)鍵。常用的“標(biāo)記”靶標(biāo)表征方法，包括基于活性的蛋白質(zhì)組分析（Activity-based Protein Profiling， ABPP），需要合成衍生靶向ID探針，不僅周期長(zhǎng)，可能還會(huì)影響活性藥物的構(gòu)象。無(wú)標(biāo)記靶點(diǎn)識(shí)別方法不涉及小分子藥物的任何化學(xué)修飾，近年來(lái)受到越來(lái)越多的關(guān)注?；诟叻直媛寿|(zhì)譜（MS）的方法可以提供更多關(guān)于綜合靶蛋白和結(jié)合位點(diǎn)的信息，這可能有助于多靶點(diǎn)或復(fù)雜藥物系統(tǒng)中的靶點(diǎn)鑒定。 LiP-MS和TPP通過(guò)在全局范圍內(nèi)識(shí)別蛋白結(jié)合藥物前后的折疊能力和熱穩(wěn)定性的物化性質(zhì)改變識(shí)別藥物的結(jié)合靶點(diǎn)，介于其不需要化學(xué)修飾和高通量目前已經(jīng)得到了很多應(yīng)用。 小編整理了LiP-MS和TPP在藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用，為大家提供研究思路~ 表1?LiP-MS和TPP在藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用代表文章

蛋白質(zhì)/小分子-蛋白質(zhì)相互作用研究

許多蛋白質(zhì)在蛋白質(zhì)復(fù)合物的背景下在細(xì)胞內(nèi)發(fā)揮其功能。因此，識(shí)別蛋白質(zhì)/小分子-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）對(duì)于深入了解蛋白質(zhì)的生物學(xué)功能至關(guān)重要?；贛S的PPI鑒定已成為針對(duì)單個(gè)或幾種目標(biāo)蛋白的生物學(xué)研究以及大規(guī)模研究的重要工具。在過(guò)去的幾十年中，基于MS的蛋白質(zhì)組學(xué)已成為全面識(shí)別PPI的首選方法。 LiP-MS和TPP通過(guò)在全局范圍內(nèi)識(shí)別蛋白質(zhì)/小分子-蛋白質(zhì)相互作用前后的折疊能力和熱穩(wěn)定性的物化性質(zhì)改變識(shí)別相互作用的靶蛋白，介于其不需要化學(xué)修飾和高通量目前已經(jīng)得到了很多應(yīng)用。 小編整理了LiP-MS和TPP在蛋白質(zhì)/小分子-蛋白質(zhì)相互作用中的應(yīng)用文章，供大家后續(xù)研究參考！ 表2?LiP-MS和TPP在蛋白質(zhì)/小分子-蛋白質(zhì)相互作用中的應(yīng)用代表文章

兩種方法都可以進(jìn)行藥物靶點(diǎn)篩選和蛋白質(zhì)/小分子-蛋白質(zhì)相互作用的研究，在具體的應(yīng)用中我們應(yīng)該如何選擇呢？小編對(duì)兩種技術(shù)進(jìn)行了比較，具體內(nèi)容看下圖：

通過(guò)比較，我們得知兩者檢測(cè)的變化不同，TPP檢測(cè)蛋白質(zhì)的熱穩(wěn)定性變化，LiP-MS檢測(cè)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)變化，但是二者都不需要對(duì)待研究的小分子進(jìn)行額外的化學(xué)修飾，都可以檢測(cè)到藥物-靶點(diǎn)的結(jié)合、蛋白質(zhì)/小分子-蛋白質(zhì)的相互作用及蛋白質(zhì)的翻譯后修飾。不同點(diǎn)在于TPP可以預(yù)測(cè)結(jié)合蛋白的直接靶點(diǎn)和間接靶點(diǎn)信息，TMT的多溫度設(shè)置使得分析更加精確，而LiP-MS則可以獲得小分子結(jié)合的序列信息，并且兩個(gè)技術(shù)都有自身的局限性。因此，在具體的應(yīng)用中，我們要根據(jù)研究需求進(jìn)行合理化的設(shè)置，兩種技術(shù)可以并行使用，以使數(shù)據(jù)分析最大化。